Фамилия Нежинцева — женская форма фамилии Нежинцев. В её основе лежит топоним, причём не самый очевидный. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не связан с глаголом «нежить» или словом «нежный». Скорее всего, фамилия образована от названия города Нежин (Черниговская область, Украина). Жителей Нежина в старину называли нежинцами, а выходца оттуда — Нежинцем. Суффикс -цев в мужском варианте (Нежинцев) — типичный патронимический или посессивный, указывающий на принадлежность к роду человека по прозвищу Нежинец.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Нежинец, данного человеку, который не жил на одном месте, был «нежилым», бродягой или, напротив, нелюдимым затворником. В русских говорах слово «нежилой» могло означать пустой дом или заброшенное место, а прозвище могло закрепиться за тем, кто обитал в такой избе. Однако географическая версия выглядит убедительнее: фамилии на -инцев/-енцев и -инцов/-енцов (Нежинцев, Казанцев, Тамбовцев) традиционно указывают на выходцев из определённого города или региона.

Интересная деталь: фамилия Нежинцева, как и её мужской вариант, встречается преимущественно в центральных и южных областях России — там, куда в XVII–XVIII веках переселялись украинские казаки и мещане из Нежина. Этот город был известен как крупный торговый центр, и его уроженцы оседали по всей Малороссии и на южных рубежах Московского государства. Фамилия могла закрепиться за потомками переселенцев, которые сохраняли память о своей малой родине в прозвании.

Правописание фамилии устойчиво: через «е» в корне (Нежинцев, а не Нижинцев). Вариант с «и» (Нижинцев) встречается редко и, скорее всего, является ошибкой или следствием акающего произношения. В любом случае, носительница фамилии Нежинцева может с высокой долей уверенности считать, что её предок имел прямое отношение к городу Нежину — либо жил там, либо получил прозвище по месту прежнего жительства.