Фамилия Нежниковы хранит в основе прозвище Нежник, которое, скорее всего, описывало характер человека. Первая и самая очевидная версия связывает его с прилагательным «нежный». В этом случае прозвище могло закрепиться за изнеженным, избалованным или, наоборот, хрупким и деликатным человеком. Но есть и другой оттенок смысла: Нежником могли называть ласкового, приятного в общении мужчину, которого отличали манеры и воспитанность. Обе трактовки указывают на особенности поведения родоначальника, а не на его ремесло или место жительства.

Существует и менее распространённая гипотеза, которая выводит прозвище из топонима Нежен. Если следовать этой логике, предок Нежниковых мог быть выходцем из города с таким названием, а прозвище закрепилось за ним по месту рождения. Эта версия выглядит правдоподобной, но уступает первой по частоте встречаемости в ономастике: прозвища по чертам характера образовывались гораздо чаще, чем по названиям небольших поселений.

Сама модель образования фамилии проста и типична для славянской традиции: к основе Нежник добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность роду. Такую форму использовали в основном в центральных и южных регионах России, тогда как на севере чаще встречались фамилии на -их или -ых. Это даёт косвенную подсказку о возможной географии происхождения рода, хотя окончательно утверждать это нельзя.

Фамилия фигурирует в исторических документах. Например, в Книге памяти Саратовской области упоминается Нежников Николай Никифорович, родившийся в 1914 году в селе 1-я Львовка Аркадакского района. Он работал преподавателем автошколы, что говорит о распространённости фамилии в поволжском регионе к началу XX века. Такие записи подтверждают: фамилия бытовала не только в дворянской среде, но и среди крестьян и мещан.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно. Процесс формирования родовых имён растянулся на несколько столетий, и в разных местностях он шёл с разной скоростью. Нежниковы могли появиться независимо в нескольких губерниях: один род получил прозвище за мягкий характер, другой — за связь с конкретным местом. Поэтому говорить о едином центре происхождения можно лишь после серьёзных генеалогических изысканий, которые учитывают переписи, метрические книги и ревизские сказки.