Фамилия Незнайков — редкий случай, когда основа ясна, а вот механизм её превращения в фамилию заставляет задуматься. Корень здесь очевиден: древнерусское прозвище Незнайка, образованное от глагола «не знать» с помощью суффикса -йк-. В старину так могли назвать младенца, родители которого не хотели привлекать к нему внимание злых сил — имя-оберег, дескать, ничего не знающий, неведомый для нечисти. Но есть и другая версия: Незнайкой могли прозвать рассеянного, бестолкового или, наоборот, скрытного человека, который «не знает» то, что обязан знать. В любом случае, прозвище это было нередким в северных и центральных губерниях России, где фиксируются деревни с названием Незнайково.

Самый неожиданный момент в фамилии — её суффикс. Если бы прозвище Незнайка принадлежало взрослому мужчине, фамилия его детей писалась бы через -ин: Незнайкин. Именно так образованы сотни фамилий от прозвищ на -а/-я (Молчанов, Кузьмин, Пушкин). Форма Незнайков же указывает на то, что в основе лежало не прозвище, а, скорее всего, имя Незнайко — с суффиксом -к-, характерным для уменьшительных форм в южнорусских и украинских говорах. То есть предок носителя фамилии звался Незнайко, и его потомки стали Незнайковыми. Географически это смещает ареал фамилии к югу — в курские, орловские, воронежские земли, где фамилии на -ов от имён на -ко обычны (Марков, Петров, Иванков).

Советский писатель Николай Носов, создавая персонажа Незнайку, действовал в рамках той же древней традиции: он дал герою прозвище, которое буквально описывало его характер — незнайка, ничего не знающий. Однако массовую фамилию Незнайков породили не книги, а реальные крестьяне, получившие это прозвище за нелюбознательность или, наоборот, за хитрость. Встречается фамилия редко, её носители — в основном выходцы из южных регионов, где сохранилась память о прозвищах-оберегах и уменьшительных формах на -ко.