Нибабина — фамилия, в которой сразу заметен редкий суффикс -ин. Он указывает на принадлежность: Нибабина — «дочь (или жена) Нибабы». А вот с самим прозвищем Нибаба всё сложнее.

Самая прямая версия — это прозвище, данное человеку, который не был бабой, то есть неженкой, изнеженным мужчиной. В русских говорах «баба» могло означать не только женщину, но и слабохарактерного, робкого или избалованного мужчину. «Ни» здесь — отрицательная частица, слившаяся с корнем (как в фамилиях Немцов, Нечаев). Итого: Нибаба — «не баба», то есть человек, подчёркнуто мужественный, грубый, или, наоборот, прозвище, данное с иронией тому, кто бабой был.

Есть и менее очевидная версия: в основе может лежать не русское «не баба», а диалектный глагол «нибабить» — говорить бестолково, бормотать, путать слова. В таком случае Нибаба — говорун-путаник. Эта версия слабее, потому что глагол редкий и локальный, а отрицание «не» в прозвищах встречается чаще именно с именами и качествами.

Географически фамилия редкая, её корни, скорее всего, в южнорусских или центральных областях, где были активны прозвища с отрицанием. Суффикс -ин выдаёт недворянское, крестьянское происхождение: такие фамилии часто закреплялись в среде однодворцев или государственных крестьян. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией нет, и в этом её ценность для потомка — она хранит память о конкретном человеке, которого в деревне прозвали Нибабой, возможно, за крутой нрав или за то, что он не давал себя в обиду.