Фамилия Нибудин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло и не прозвище по внешности, а целая фраза, сжатая до одной лексемы. Это так называемая «семантическая» фамилия, образованная от повелительного наклонения глагола и дополнения. В данном случае — от оборота «не буди», то есть «не пробуждай». Носитель такой фамилии в прошлом, скорее всего, получил прозвище Небуда или Небуди, которое затем оформилось в фамилию с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «сын Небуды».

Корень здесь — древнерусский глагол «будити» (современное «будить»). Отрицательная частица «не» слилась с ним в одно слово, как это произошло в фамилиях Ненашев (от «не нашь») или Некрасов (от «не краса»). Прозвище Небуда могли дать человеку с тихим, спокойным нравом, которого не стоило тревожить по пустякам, или, напротив, тому, кто сердито реагировал на внезапное пробуждение. Вторая версия, менее вероятная, но возможная — прозвище могло быть оберегом: родители нарекали ребёнка «Небуда» в надежде, что он не будет беспокойным, или чтобы обмануть злых духов, показав, что ребёнок «не стоит того, чтобы его будить».

С точки зрения географии, фамилия Нибудин тяготеет к южнорусским и украинским землям. Модель образования «глагол в императиве + существительное» (типа Убийвовк, Держикрай) характерна именно для украинской ономастики, хотя встречается и в белорусской, и в польской традициях. Русская адаптация через суффикс -ин — признак того, что фамилия вошла в общероссийский обиход уже после закрепления за родом.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия Нибудин не упоминается как отдельная статья, но она входит в гнездо фамилий с корнем «буд»: Будин, Будников, Небудин. Последний вариант — Небудин — встречается чаще и является прямым предшественником формы с начальным «ни». Чередование «е» и «и» в безударной позиции — типичная диалектная черта, закрепившаяся в написании при паспортизации в XIX–XX веках. Таким образом, Нибудин — это фонетический вариант фамилии Небудин, который со временем стал самостоятельным.