Фамилия Нибуткин на первый взгляд кажется необычной, но её происхождение укладывается в простую и прозрачную словообразовательную модель. Основа здесь — Нибутк(а) или Нибутк(о), а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Нибуткин, то есть сын или потомок Нибутки.

Разобраться с корнем сложнее, потому что прямого слова «нибутка» в русском языке нет. Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «нибутить» или «небутить» — в некоторых южнорусских и украинских говорах так говорили о человеке, который «не бутет», то есть не бунтует, не шумит, ведёт себя смирно. Приставка «ни-» здесь усиливает отрицание. Тогда Нибутка — прозвище спокойного, тихого человека, которого в семье или деревне называли «небуткой», а со временем «н» приросло к корню, и получилось Нибутка.

Вторая гипотеза — что основа восходит к личному имени Небут, редкому варианту христианского имени Неофит (греч. «новообращённый»). В народной речи Неофит мог превратиться в Небута, а потом в Нибутку через аканье (безударное «е» звучит как «и»). Такое переосмысление встречается в фамилиях, образованных от канонических имён, которые в быту сильно искажались.

Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а или -я: Нибутка → Нибуткин. Географически фамилия редкая, её следы встречаются в основном в центральных и южных областях России, а также в украинских записях XIX века, где форма Нибутко могла бытовать как прозвище. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская: фамилии на -ин от прозвищ характерны для непривилегированных слоёв.

Таким образом, Нибуткин — это «сын тихони» или «потомок Небута». Первая версия кажется более правдоподобной из-за живого диалектного корня, вторая — возможна, но менее доказана.