Фамилия Никуткин встречается реже, чем её «старший родственник» Никулин, и это сразу подсказывает направление поиска. Оба варианта происходят от одной и той же основы — уменьшительной формы имени Николай. В народной русской традиции имя Николай, греческое по происхождению («победитель народов»), давало множество обиходных вариантов: Никола, Микола, а для детей и близких — Никута, Никутка, Никуша. Фамилия Никуткин образована по самой распространённой модели с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Никуткин, то есть сын, потомок или человек из семьи Никутки.

Интересно, что форма Никутка — не просто ласкательное, а вполне бытовое, даже нейтральное имя в крестьянской среде XVI–XVII веков. В документах того времени можно встретить и «Никутка Иванов», и «Никутка Фёдоров». Поэтому фамилия Никуткин — не от прозвища, а напрямую от канонического имени, прошедшего через народную переработку. В этом её отличие, скажем, от фамилии Никулин, где основа Никула — тоже уменьшительная, но с другим суффиксом.

Географически фамилия Никуткин тяготеет к центральным и северным областям России, особенно к бывшим новгородским и вятским землям, где имя Николай в форме Никута было особенно употребительно. Встречается она и в Поволжье, но реже. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Иногда ошибочно связывают Никуткина с диалектным словом «никутка» в значении «неуклюжий человек», но это вторичное осмысление. Первичное значение — только от имени. Фамилия не имеет отношения к «никуда» или «ни к чему»; её корень — в тёплом, домашнем обращении к человеку по имени Николай.