Фамилия Нибудкина — женская форма фамилии Нибудкин, и её разбор начинается с неочевидного корня. Основа «нибудк-» образована от просторечного или диалектного личного имени Нибудка, которое, в свою очередь, восходит к древнерусскому нецерковному имени Нибуд. Такие имена давали в качестве оберега: считалось, что если назвать ребёнка «никем» или «нибудем» (то есть «нечто неопределённое, никакое»), злые духи не обратят на него внимания. Похожий принцип — у имён Некрас, Нелюб, Нечай.

Модель образования типична для восточнославянской ономастики: суффикс -к- (уменьшительно-ласкательный или уничижительный) добавился к основе «нибуд», а затем появился стандартный фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Нибудкин, то есть сын или потомок Нибудки. Фамилия редкая, и её география, скорее всего, привязана к северным или центральным областям России, где дольше сохранялись дохристианские имена-обереги.

Стоит отметить, что корень «нибуд-» легко спутать с частицей «нибудь» (как в слове «кто-нибудь»), но это совпадение: фамилия не имеет отношения к неопределённым местоимениям. В говорах слово «нибудь» могло звучать как «нибудка» в значении «нечто неважное», и это тоже могло стать прозвищем неряшливого или незначительного человека, но версия с личным именем-оберегом выглядит убедительнее — такие имена фиксируются в исторических документах вплоть до XVII века.

О других фамилиях того же корня — Нибудов, Нибудкин — сведений почти нет, что подтверждает редкость основы. Носительница фамилии Нибудкина может с уверенностью считать своих предков крестьянами или посадскими людьми, жившими в условиях, где имя-оберег считалось защитой от сглаза и болезней.