Фамилия Ничайкина — женская форма фамилии Ничайкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Ничайка. В основе лежит глагол «ничать» (или «нычать»), который в русских говорах имел несколько значений: терять бодрость, унывать, хныкать, а также — гнуть, наклонять вниз. Скорее всего, прозвище Ничайка давали человеку с заметной манерой поведения: склонному к грусти, плаксивому или, наоборот, тому, кто постоянно ходил с опущенной головой. Не исключён и более конкретный бытовой оттенок — так могли прозвать пахаря или бурлака, чья работа заставляла постоянно наклоняться.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе прозвища Ничайк- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ничайки). Суффикс -к- в основе говорит о том, что исходное имя или прозвище было уменьшительно-ласкательным или обиходным — Ничайка. В мужском варианте фамилия звучит как Ничайкин, а женская форма Ничайкина образована по стандартному правилу склонения.

Фамилия редкая и не имеет широкой географии. Известно, что носители встречаются в центральных регионах России и в Поволжье, но массового распространения она не получила. Важно отличать её от похожих фамилий на -айкин (например, Чайкин, Байкин), где основа восходит к другим корням. В случае Ничайкина корень однозначно связан с глаголом «ничать» и его производными.

Сословная принадлежность предков Ничайкиных не прослеживается по самой фамилии: её могли носить и крестьяне, и мещане, и священнослужители. В документах XIX века фамилия встречается в метрических книгах, но без указания на знатность или богатство. Это типичная «прозвищная» фамилия, которая закрепилась за родом через личную характеристику основателя.