Фамилия Ничайкин — редкий пример, где суффикс -кин указывает не на отчество от женского имени, а на прозвище, образованное от глагольной формы. В этом её главная особенность.

Основа фамилии — «Ничай», краткая форма повелительного наклонения глагола «ничать». В русских говорах «ничать» означало «кланяться», «нагибаться», а в переносном смысле — «унижаться», «подличать» или, наоборот, «приветствовать». Прозвище Ничай могли дать человеку с характерной привычкой кланяться, либо тому, кто часто просил, льстил, «гнул спину». Не исключён ироничный вариант: так могли назвать гордеца, который, наоборот, ни перед кем не гнулся.

Суффикс -кин обычно присоединялся к основам на -а/-я, когда имя или прозвище оканчивалось на гласный. Например, Фомин — от Фома, а Ничайкин — от Ничай. То есть фамилия строится по схеме: «чей?» — «Ничайкин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Ничай.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектный глагол «ничать» был в ходу. В писцовых книгах XVII века изредка фиксируются крестьяне с прозвищем Ничайко — это уменьшительная форма той же основы.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ничаев, Ничагин — показывает, что все они восходят к одному глагольному корню, но различаются суффиксами и моделями образования. Ничайкин стоит особняком, так как сохранил архаичную форму повелительного наклонения в роли прозвища, что для русских фамилий редкость.

Таким образом, предки носителей фамилии Ничайкин — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище за манеру поведения или внешний признак, связанный с поклоном.