Фамилия Ничайнику — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Скорее всего, перед нами не русская, а украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища Ничайник. Корень здесь — глагол «ничать» или «нырять», который в южнорусских и западных говорах означал «опускаться вниз», «кланяться», а в переносном смысле — «унижаться», «заискивать». Человек по прозвищу Ничайник — тот, кто постоянно кланяется, льстит или, наоборот, скрывается, «ныряет» в толпе.

Суффикс -ник типичен для названий профессий и деятелей: лесник, работник, плотник. Ничайник могло быть прозвищем человека с характерной привычкой низко кланяться или же того, кто занимался неким «ничанием» — например, ловлей рыбы нырком или сбором чего-то, что требовало нагибания. Впрочем, вторая версия менее вероятна из-за отсутствия документальных подтверждений такого ремесла.

Фамилия могла возникнуть и как отчество от того же прозвища, но её окончание -у выбивается из обычной модели. В русском языке типичные окончания фамилий — -ов, -ин, -ский. Форма на -у встречается в украинских фамилиях, особенно в западных регионах, где распространён суффикс -ук/-юк (Ничайник → Ничайнику — вариант родительного падежа, который мог закрепиться как фамилия). Это указывает на возможное происхождение из Волыни, Подолья или Полесья.

В ономастических справочниках фамилия Ничайнику не фиксируется как широко известная, что говорит о её локальном бытовании. Возможно, она возникла в одном конкретном селе или хуторе как прозвище одного рода. Сравните с однокоренными: Ничай, Ничаев, Ничипорук — все они имеют южную или западную привязку.

Сегодня носители фамилии Ничайнику встречаются редко, преимущественно в Украине и Беларуси. Если вы её носите, скорее всего, ваши предки были крестьянами из западных губерний Российской империи, а сама фамилия — живое напоминание о прозвище, которое когда-то дали за повадку или характер.