Фамилия Нигоденко — украинская модель образования на -енко, типичная для Поднепровья и Левобережья. Суффикс -енко означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. В данном случае основа — Нигод(а), и это не имя, а прозвище.

Корень фамилии — прилагательное «нигодный» (или в украинском произношении «негідний»), что значит «негодный», «никудышный», «непригодный». В старину прозвище Нигода давали человеку со сложным характером, неуживчивому, либо тому, кто был слаб здоровьем или не справлялся с работой. Иногда такие прозвища закреплялись иронически — за человеком, который на деле был вполне пригоден, но получил кличку «от противного».

Возможна и вторая, менее вероятная версия: от слова «года» в значении «время», «пора» — тогда Нигода мог означать «не вовремя родившийся» или «неудачник». Однако первое объяснение — от «негодный» — встречается в ономастике чаще и подтверждается параллельными фамилиями: Негодяев, Негоднов, Негодов.

Географически фамилия Нигоденко распространена на юго-востоке Украины, в Запорожской и Днепропетровской областях, а также в прилегающих районах России. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии записаны в основном как крестьяне и казаки, что соответствует украинской традиции — фамилии на -енко редко встречались у дворянства.

Отличительная черта Нигоденко — редкая основа. В отличие от десятков тысяч фамилий на -енко с корнями от крестильных имён (Иваненко, Петренко) или ремёсел (Коваленко, Шевченко), эта фамилия образована от оценочного прозвища. Такие прозвищные фамилии составляют не больше 5–7% в массиве украинских фамилий на -енко, что делает Нигоденко необычным примером прямой характеристики предка.