Фамилия Нигодин — один из тех случаев, когда прозвище предка напрямую описывало его характер или поведение, но с обратным знаком. В основе лежит древнерусское слово «нигода» — негодный, плохой, никудышный человек. В словаре Даля встречается и глагол «нигодить» — делать пакости, вредить. Прозвище Нигода могли дать либо за скверный нрав, либо, что нередко в народной традиции, с иронией — как «оберег» от злых сил: назовут негодником, а вырастет добрым молодцем.

Модель образования проста и типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ин присоединен к основе на -а (Нигода). Такие фамилии указывали на принадлежность: «чей сын?» — Нигодин, то есть потомок Нигоды. Аналогично образованы фамилии от прозвищ с тем же корнем — Негодяев, Негодов. Разница в том, что «негодяй» закрепилось в литературном языке как резкое ругательство, а «нигода» осталось диалектным, более мягким, иногда даже бытовым словом.

Географически фамилия редкая, но встречается в старых переписях Вятской губернии и кое-где в Зауралье. Вятка — регион, где активно бытовала модель фамилий на -ин от прозвищ на согласный (ср. Шибанов, Шубин). Это косвенно подтверждает, что основа «Нигода» была живым прозвищем именно в тех местах, а не книжным заимствованием.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к современному слову «негодный» через приставку не-: здесь старый корень «год» в значении «годиться, быть пригодным», а «ни» — усилительная частица. То есть «нигода» — это «совсем негодный», а не просто «плохой». Такая семантическая точность редко встречается в прозвищах и делает фамилию лингвистически ценной.

В сословном отношении Нигодины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не встречается среди дворянских родов, внесённых в родословные книги, и не имеет аристократических параллелей. Это чисто народное прозвание, которое закрепилось за родом и дожило до наших дней.