Фамилия Нигоев ведет начало от армянского имени Ниго — так в народной традиции называли мальчиков, которым при крещении давали имя Николай. Скорее всего, Ниго это не самостоятельное имя, а уменьшительная, обиходная форма, которая закрепилась в быту. Греческое имя Николай, от которого оно произошло, переводится как «победитель народов»: в его основе лежат слова nika («побеждать») и laos («народ»). Для христианского мира это имя особенно значимо: Николай Чудотворец — один из самых почитаемых святых, поэтому имя было широко распространено, а его разговорные варианты появлялись у разных народов.

Фамилия Нигоев построена по классической модели: к основе Ниго добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на происхождение. Первоначально такие формы означали «сын такого-то» или «из семьи такого-то». То есть человек, предка которого звали Ниго, со временем получил фамилию Нигоев — буквально «потомок Ниго».

Интересно, что, несмотря на армянское происхождение имени, фамилия оформлена по русской словообразовательной модели. Это типично для народов, которые жили в тесном контакте с русской культурой и административной системой: при переписях и оформлении документов имена и прозвища получали стандартные русские окончания. Так армянское имя Ниго превратилось в привычную для русского уха фамилию Нигоев.

Если говорить о родственных фамилиях, то в той же среде встречаются варианты Никоян, Никогосян (от полной формы Никогос) и Нигов — последний мог возникнуть параллельно, но с другим суффиксом. Сама фамилия Нигоев не слишком распространена, что говорит о её узком семейном или региональном происхождении. Точных сведений о том, где именно она впервые зафиксирована, нет, но по модели образования её можно отнести к фамилиям, сложившимся в XIX веке, когда у народов Закавказья массово появлялись фамилии по отцу.