Фамилия Ниголай — редкий случай, когда написание расходится с ожидаемой нормой. На слух она почти неотличима от «Николай», и именно в этом ключ к её происхождению. Перед нами, скорее всего, не самостоятельная основа, а фонетический или орфографический вариант имени Николай, закрепившийся в документах.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. В русской традиции фамилии от имени Николай образуются с помощью суффиксов -ов/-ев (Николаев) или -ин (Николин). Форма Ниголай — это не суффиксальное образование, а фиксация самого имени в роли фамилии, что характерно для украинской, белорусской или южнорусской традиции, где фамилии могли совпадать с полной формой имени (например, Иван, Петр, Степан). Однако здесь есть важная деталь: замена «ко» на «го». Это может быть следствием акающего произношения (в безударном положении «о» звучит как «а»), а затем и оглушения или, наоборот, озвончения согласного, записанного «на слух» малограмотным писцом. Вместо «Николай» написали «Ниголай», и эта запись стала фамилией.

Географически фамилия Ниголай тяготеет к регионам, где было сильно влияние украинского или южнорусского говора, а также к территориям с этнически смешанным населением, например, к бывшим землям Новороссии или Кубани. Там фиксация имени в качестве фамилии — обычное дело. Встречается она и в среде молдаван и румын, где имя Nicolae (Николае) дало фамилии типа Николае, Никулае, а на слух русский писец мог записать его как «Ниголай».

Другая, менее вероятная версия — связь с тюркскими языками, где «ниголай» могло быть искажением от «нигяр» (возлюбленная, нежная) или от «ниголь» (светлый, ясный). Но эта гипотеза слабая: нет ни этимологической цепочки, ни массового бытования таких форм у тюркских народов. Правдоподобнее всего считать фамилию Ниголай «застывшей ошибкой» переписчика, превратившей имя в родовое прозвище.

Таким образом, предки носителей этой фамилии, скорее всего, были людьми простого звания — крестьянами или казаками, чьё имя Николай в официальных бумагах записали так, как слышали. Фамилия не указывает на ремесло или место, а только на имя родоначальника, причём в необычной, локальной огласовке.