Фамилия Ниголян — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие объяснения. Её основа, скорее всего, восходит к топониму: на юге России и в украинских степях есть несколько населённых пунктов с названием Ниголь, Ниголя, Ниголье. Житель такого места — Ниголянин, а его потомок, утративший окончание, превратился в Ниголяна. Такая модель образования фамилий через суффикс -ан (-ян) характерна для южнорусских и украинских говоров: она выделяла человека по месту жительства, реже — по отцу, если имя отца оканчивалось на гласный.

Если же отталкиваться от личного имени, то в роли основы могло выступить редкое каноническое имя Нигол (вариант Николая, встречавшийся в греческой традиции). Однако это менее вероятно: фамилия Ниголян не фиксируется в областях, где активно бытовали греческие диаспоры, зато её следы обнаруживаются в документах Воронежской и Харьковской губерний XIX века — именно там, где стояли сёла с похожими названиями.

Суффикс -ян не стоит путать с армянским -ян (сын такого-то). В русских фамилиях он выполняет другую роль — чаще всего уменьшительную или принадлежностную, как в фамилиях Полотнян, Горян, Резан. В случае с Ниголяном этот суффикс прикрепился к основе уже в русской среде, когда прозвище «Ниголя» (выходец из Ниголя) стали передавать по наследству.

В современной России фамилия остаётся малочисленной. Её носители встречаются в центральных областях и в Поволжье, но без выраженного ареала. Никаких следов дворянского происхождения или связи с известными историческими родами не обнаружено — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где человека называли по деревне, в которой он родился.