Основой фамилии Негодин послужило мирское имя Негода. Фамилия Негодин образована от мирского имени Негода, восходящему к прилагательному «негодный», которое в настоящее время имеет значение «непригодный к чему-либо». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Негода, со временем получил фамилию Негодин.