Основой фамилии Негодкин послужило мирское имя Негодка. Фамилия Негодкин образована от мирского имени Негодка, восходящему к прилагательному «негодный», которое в настоящее время имеет значение «непригодный к чему-либо». Известно, что имя Негодка употреблялось в качестве «охранительного», чтобы обмануть и оттолкнуть «злого духа», охотящегося за хорошим ребенком. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Негодка, со временем получил фамилию Негодкин.