Фамилия Никашкина образована от имени Никашка — уменьшительной формы крестильного имени Никандр (в переводе с греческого «победоносный муж») или, реже, Никита («победитель»). Имя Никандр было популярно в среде духовенства и крестьян, а его народные формы вроде Никашка и Никаша встречались в писцовых книгах XVI–XVII веков. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Никашкин сын, то есть потомок человека по прозвищу Никашка.

Фамилия эта нередкая, но не массовая — её географические корни тянутся в основном к центральным и северным губерниям России, особенно к бывшим Вологодской, Костромской и Ярославской землям. В этих краях имя Никандр было распространено благодаря местночтимым святым, например преподобному Никандру Городенскому. В документах XVIII века встречаются крестьяне Никашкины из Тверской губернии — там форма Никашка бытовала как обиходный вариант имени Никифор, что добавляет ещё одну возможную основу.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Никашин, Никанов, Никашев, — то Никашкина стоит особняком из-за суффикса -к-, который в древнерусской антропонимии придавал имени ласкательный, а иногда и пренебрежительный оттенок. Однако в случае с Никашкой это, скорее, нейтральная бытовая форма, как Ванька или Митька: в документах того времени так могли записать любого крестьянина или посадского, не вкладывая особого чувства.

Сословно Никашкины чаще всего были крестьянами или мещанами. В дворянские родословные книги фамилия не попала — это типичная «простая» русская фамилия, возникшая в среде, где отчество быстро закреплялось за семьёй. Сегодня её носительницы живут по всей России, но наибольшая концентрация остаётся в тех же регионах: Вологодская область, Москва и Подмосковье, а также в Пермском крае, куда переселенцы уходили в XIX веке.