Основой фамилии Никлюденко послужило мирское имя Неклюд. Имя Никлюд является фонетическим вариантом имени Неклюд, которое восходит к нарицательному «неклюжий», означающему «неуклюжий, нескладный». Возможно, первоначально это имя выполняло функцию оберега. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Неклюдом. Также вероятно, что фамилия Никлюденко произошла от прозвища Никлюд. Так могли прозвать немного молчаливого, малообщительного и задумчивого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Никлюд, со временем получил фамилию Никлюденко.