Фамилия Никлюденко образована от мирского имени Неклюд, которое в народном произношении закрепилось как Никлюд. Основа имени — прилагательное «неклюжий», то есть «неуклюжий, нескладный». Здесь стоит сделать важную оговорку: в древнерусской традиции подобные имена с отрицательной частицей «не-» часто выступали оберегами. Родители, желая сыну красоты и статности, нарекали его Неклюдом, словно обманывая злые силы: называли некрасивым, чтобы настоящий, «настоящий» облик остался при нём. Такой приём — называть ребёнка противоположным по смыслу именем — хорошо известен этнографам и встречается у многих славянских народов.

Суффикс «-енко» в фамилии указывает на украинское происхождение и означает «сын» или «потомок». То есть Никлюденко — буквально «сын Неклюда». Модель с «-енко» массово закрепилась в Левобережной Украине, на Слобожанщине и в южнорусских землях, куда переселялись украинцы. Поэтому фамилия Никлюденко почти наверняка имеет корни в этих регионах, а не в северорусских землях, где преобладали формы на «-ов» и «-ин».

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований. Неклюдом могли прозвать не ребёнка при рождении, а взрослого человека — молчаливого, задумчивого, необщительного. В говорах слово «неклюжий» иногда сдвигалось по смыслу от «нескладный внешне» к «неуживчивый, замкнутый». Тогда прозвище Никлюд закреплялось за характером, а не за судьбой, и уже от этого прозвища пошла фамилия.

Правдоподобнее выглядит первая гипотеза: имена-обереги в старину давали часто, и именно они породили целый пласт фамилий с «не-» в основе — Некрасов, Немиров, Нечаев. Фамилия Никлюденко стоит в этом же ряду, но с украинским суффиксальным оформлением. Сравните с однокоренными русскими формами: Неклюдов, Неклюдовский — они встречаются в документах с XVI века, тогда как Никлюденко — фамилия более поздняя, сложившаяся уже на украинской почве.

Написание через «и» — Никлюденко, а не Неклюденко — результат аканья или просто народной этимологии, когда неясное «е» заменили более привычным «и». В документах XIX века обе формы могли сосуществовать даже у одной семьи, пока переписчики не унифицировали написание.

О сословии носителей фамилии говорить сложно: «-енко» встречалось и у казаков, и у крестьян, и у мещан. Само имя Неклюд не имело аристократического оттенка, так что предки Никлюденко, скорее всего, были простыми людьми — землепашцами, ремесленниками или казаками. Точных сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет, что типично для фамилий такого типа: они распространены локально и редко попадают в биографические справочники.