Имя Николай восходит к греческому Nikolaos, где nika означает «побеждать», а laos – «народ». Поэтому фамилию Николайниковых мог получить либо ребенок, родившийся на Никольщину, либо тот, кто любил «николить», то есть гулять и пьянствовать. Сама по себе фамилия Николайников является отчеством второго порядка: Николайников — внук Николайника, сын Николая.