Фамилия Николайников образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Николайников послужило церковное имя Николай. Имя Николай восходит к греческому Nikolaos, где nika означает «побеждать», а laos – «народ». Поэтому фамилию Николайниковых мог получить либо ребенок, родившийся на Никольщину, либо тот, кто любил «николить», то есть гулять и пьянствовать. Сама по себе фамилия Николайников является отчеством второго порядка: Николайников — внук Николайника, сын Николая. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Николай, со временем получил фамилию Николайников. О точном месте и времени возникновения фамилии Николайников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Николайников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.