Фамилия Нилакова — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или характером. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность (чей? — Нилаков), остаётся корень «Нил-». Самая прямая версия — отчество от неканонического имени или прозвища Нил. В старину Нилом могли назвать человека с очень тёмными, почти чёрными волосами или глазами: в южнорусских говорах словом «нилый» (или «нилой») обозначали тёмный, иссиня-чёрный цвет, чаще всего — масть лошади. Прозвище Нил, таким образом, могло закрепиться за смуглым или черноволосым человеком, а его потомки стали Нилаковыми.

Вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастике, — связь с крестильным именем Нил (от греческого Neilos — «долина», «речной ил»). Имя это давали в честь святого Нила Постника, но в русской традиции оно никогда не было массовым. Если бы фамилия образовалась от полной формы имени, мы бы чаще встречали Нилов, а не Нилаков. Суффикс -ак- (в форме Нилак) указывает на уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный оттенок: Нилак — «маленький Нил» или «Нил, сын Нила». Такая модель типична для северных и сибирских говоров, где -ак нередко прикрепляли к именам, чтобы выделить младшего в роду.

География фамилии подсказывает, что Нилаковы — преимущественно выходцы из центральных и южных регионов России, особенно из Курской и Воронежской областей, где диалектное слово «нилый» было в ходу. Встречается фамилия и на Урале, но там она, скорее всего, пришлая.

Обратите внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог — Нила́ков. Если же произносить с ударением на первый слог (Ни́лаков), фамилия звучит как образованная от имени Нил с помощью суффикса -ак, что ещё раз подтверждает прозвищное происхождение: Нилак — человек, похожий на Нила или принадлежащий ему. Вариант Нилакова — женская форма, которая в современном русском языке закрепилась как фамилия женщины, но исторически могла обозначать жену или вдову Нилака.