Фамилия Нилкина — одна из тех, что образована не напрямую от церковного имени, а через его обиходную, усечённую форму. Её основа — каноническое имя Нил. В православных святцах это имя носил преподобный Нил Постник, а в истории — несколько византийских и русских святых. В народной речи имя Нил легко превращалось в Нилка — ласкательно-уменьшительная форма по той же модели, что Иван — Ивашка, Павел — Павлушка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Нилкин — «сын Нилки» или «человек из семьи Нилки». Так что фамилия Нилкина — чисто русская, патронимическая, возникшая в среде, где имя Нил не было редкостью, хотя и не относилось к самым распространённым.

Географически фамилия Нилкина тяготеет к центральным и северным регионам России. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить упоминания крестьян и посадских людей с этим именем, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Там имя Нил держалось дольше, чем, скажем, в южных областях, где в ходу были другие формы. Встречается и вариант Нилкин — без окончания -а, но обе формы восходят к одному корню и различаются только грамматическим родом носителя.

Интересный нюанс: фамилия Нилкина могла возникнуть и от прозвища, а не напрямую от имени. В некоторых говорах «нилкой» называли человека с тихим, покладистым нравом — от слова «нилкий» (смирный, кроткий). Но эта версия менее вероятна, так как прозвище Нилка в письменных источниках встречается реже, чем личное имя. Ономастические словари, в частности работы Б. Унбегауна, относят фамилии на -ин от имён на -а/-я к самому распространённому типу русских фамилий, и Нилкина здесь — типичный пример.

Коротко: предок носительницы фамилии Нилкина был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, которого звали Нилка. Фамилия не дворянская, не купеческая — из простонародья, и в этом её ценность как маркера бытовой истории.