Фамилия Нилкин — наглядный пример того, как русская фамилия может хранить память о редком или вовсе забытом имени. Основа здесь — личное имя Нилка, а оно, в свою очередь, образовано от канонического крестильного имени Нил. В святцах это имя носил преподобный Нил Постник, а также несколько святых, почитаемых в православии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Нилкин буквально значит «сын Нила» или «потомок Нилки».

Интересно, что полное имя Нил в русской среде было не слишком распространённым — в основном его давали в монашестве или в семьях, где чтили память конкретного святого. А вот уменьшительная форма Нилка могла бытовать в крестьянской среде, где полные имена часто сокращали и переделывали на свой лад. Поэтому фамилия Нилкин скорее всего возникла не у дворян, а у простых людей — крестьян или посадских, которых в документах записывали по отцу: «Иван Нилкин сын».

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Нил почти вышло из обихода уже к XVIII–XIX векам. В святцах оно осталось, но в быту его вытеснили более популярные имена. Соответственно, и число фамилий, от него образованных, невелико. По этой же причине у Нилкина нет «родственных» массовых фамилий вроде Ивановых или Петровых — это скорее штучная, локальная фамилия, которая могла закрепиться в одном-двух сёлах или уездах.

Если искать географическую привязку, то носители фамилии Нилкин встречаются в основном в центральных и северных областях России — там, где дольше держались старые святцы и архаичные формы имён. Встречается она и у староверов, которые особенно строго хранили дораскольные имена. Так что за фамилией Нилкин стоит не просто имя, а целый пласт народной памяти о святых, которые почти исчезли из повседневного обихода, но остались в фамильном наследии.