По одной из них, прозвище восходит к литовскому слову nelygus, которое в переводе на русский означает «неровный». Возможно также, что прозвище Нильк этимологически связано с эстонским словом neel – «глотка». Таким образом, Нильком могли называть как человека с каким-либо физическим недостатком, так и крикуна.