Фамилия Нильская — редкий случай, когда географическое название перешло в фамилию почти без изменений, сохранив книжное, «учёное» звучание. В отличие от тысяч фамилий на -ский, образованных от названий деревень (как Тверской или Ржевский), Нильская прямо отсылает к реке Нил. Но не к африканской, а к её «переносу» на русскую почву.

Скорее всего, основа фамилии — топоним Нил в значении «река» или «водный объект». В России существовали и существуют речки с названием Нил (например, в бассейне Оки), а также урочища и хутора, которые могли получить такое имя по ассоциации с библейским или античным образом великой реки. Человек, живший на берегу такой речки или владевший землёй при ней, получал прозвание Нильский, а его жена или дочь — Нильская. Суффикс -ск- здесь указывает на принадлежность к месту: «с реки Нил» или «из села Нил».

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не исключённая. Фамилия могла возникнуть в духовной среде. Семинаристам, принимавшим монашество или сан, нередко давали «красивые» фамилии по библейским и географическим названиям (Иорданский, Синайский, Нильский). В таком случае Нильская — это «искусственная» фамилия, образованная от названия реки как символа древности и святости. Однако женская форма Нильская чаще встречается у светских людей, чьи предки-мужчины носили форму Нильский.

Обратите внимание на окончание -ая. Это типичная черта северных и центральных русских говоров, а также фамилий, закрепившихся в форме прилагательного женского рода. В современной России Нильская — фамилия довольно редкая, встречается в основном в европейской части страны, с небольшим сгущением в Поволжье. По сути, её носители — потомки либо владельцев воды с «египетским» названием, либо выпускников духовных училищ, получивших звучную фамилию в XIX веке.