Фамилия Нилоговы — одна из тех, где корень ясен, а вот путь его превращения в фамилию неочевиден. Основа здесь — имя Нил, которое носил известный христианский святой, преподобный Нил Постник (IV–V века). В святцах это имя встречалось, хоть и не было таким частым, как Иван или Пётр. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, но с особенностью: от имени Нил притяжательное прилагательное звучало бы как «Нилов» («чей? — Нилов сын»). А здесь мы видим Нилогов, что указывает на иную, более сложную словообразовательную цепочку.

Ключ к разгадке — суффикс -ог-. В русской ономастике он редок и обычно указывает на прозвище, образованное от имени с помощью уменьшительно-пренебрежительного или, наоборот, увеличительного форманта. Сравните: «Волк» — «Волчок», «Нил» — «Нилог». Вероятнее всего, Нилог — это производная форма имени Нил, вроде Нилушка или Нилка, но с нестандартным суффиксом, который мог закрепиться в северных или сибирских говорах. То есть «Нилогов» буквально означает «сын Нилога», где Нилог — домашнее, обиходное имя человека по имени Нил.

Вторая версия, менее вероятная, — связь со словом «нилоги» (не путать с «нилоты»). В некоторых диалектах так могли называть что-то, относящееся к низменной местности или болотистому берегу (от «нил» — ил, грязь). Но эта гипотеза слабая, так как прозвища от географических терминов обычно образуются через суффиксы -ец, -як, -ин, а не -ог. Правдоподобнее всё же антропонимическое происхождение от имени Нил.

По сословной принадлежности Нилоговы — это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия. Дворянские роды с таким окончанием (на -ов) обычно имели более прозрачную этимологию от полных имен (Иванов, Петров). А редкий суффикс -ог- выдает простонародное, диалектное происхождение — фамилия могла возникнуть в среде, где имя Нил было в ходу, но его переделали на свой лад. Географически такие фамилии чаще встречаются на Русском Севере и в Поволжье, где святцы и местные говоры давали необычные варианты.

Итог: фамилия Нилоговы — это «отчество второго порядка», образованное от прозвищной формы крестильного имени Нил с помощью редкого суффикса -ог. Предки носителей этой фамилии, вероятно, жили в среде, где имя Нил было распространено, но звучало в обиходе как Нилог. Никакой связи с Нилом-рекой или египетскими нилотами здесь нет — это чисто русская, хоть и нестандартная, модель фамилии.