Фамилия Ниловкина образована от аналогичного прозвища, которое ведет свое начало от названия деревни Ниловка Большеболдинского района Нижегородской области. Деревня располагается на правом берегу реки Пьяны. Сам топоним, скорее всего, происходит от канонического имени Нилей, которое носил отец Нестор. Не исключено, что это имя было образовано от названия реки Нил. Вполне вероятно, что основатель рода Ниловкиных был уроженцем этого села. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Ниловкин, со временем получил фамилию Ниловкин.