Фамилия Ниловкина хранит память о месте, откуда пошел род, и связана с конкретным географическим объектом. В основе фамилии лежит прозвище Ниловкин, которое, скорее всего, получил уроженец деревни Ниловка. Это селение существует и сегодня и находится в Большеболдинском районе Нижегородской области на правом берегу реки Пьяны.

Сам топоним Ниловка, от которого пошло прозвище, восходит к каноническому имени Нилей. Так звали отца Нестора, одного из ранних христианских святых. В свою очередь, имя Нилей, как полагают исследователи, могло быть образовано от названия великой реки Нил, что придает фамилии неожиданный и древний смысловой оттенок.

Модель образования здесь простая и характерная для русских фамилий: к основе Ниловк- добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Первоначально Ниловкин означало «сын Ниловки», то есть потомок человека, который носил прозвище по месту жительства. Прозвище, а затем и фамилия закрепились за семьей, чей предок, вероятно, был выходцем из этой деревни или имел с ней прочную связь.

Фамилия Ниловкина встречается в формах мужского и женского рода, где женская форма указывает на принадлежность к роду Ниловкиных. В нижегородском регионе, откуда фамилия, по-видимому, берет начало, она могла распространиться вместе с переселением крестьян в другие губернии, но ее корни отчетливо проступают в названии старинного села на Пьяне.