Фамилия Ниловкин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Ниловкин образована от аналогичного прозвища, которое ведет свое начало от названия деревни Ниловка Большеболдинского района Нижегородской области. Деревня располагается на правом берегу реки Пьяны. Сам топоним, скорее всего, происходит от канонического имени Нилей, которое носил отец Нестор. Не исключено, что это имя было образовано от названия реки Нил. Вполне вероятно, что основатель рода Ниловкиных был уроженцем этого села. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Ниловкин, со временем получил фамилию Ниловкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Ниловкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ниловкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.