Фамилия Нинаженкова — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное слово. На слух она воспринимается как что-то связанное с «низом» или «ниже», но на деле корень здесь иной. Фамилия образована от прозвища или нецерковного имени Нинага, Нинажа, а оно, скорее всего, восходит к татарскому или башкирскому слову «нинай» — «матушка», «старшая сестра», «няня». В русских говорах Поволжья и Приуралья такое обращение могли перенять у соседних народов, и прозвище Нинага давали либо заботливой, опекающей женщине, либо, напротив, мужчине, который выполнял «нянькины» обязанности в семье.

Суффикс -енк- в этой фамилии — уменьшительно-притяжательный, характерный для украинской и южнорусской ономастики. Он означает «маленький», «младший» или «чей-то»: Нинаженков — буквально «сын Нинаги» или «потомок того, кого звали Нинага». А окончание -а выдает женскую форму фамилии, то есть Нинаженкова — это женщина из рода Нинаженковых. Мужской вариант, соответственно, Нинаженков.

Географически фамилия тяготеет к юго-востоку европейской России: её носители встречаются в Воронежской, Саратовской, Оренбургской областях и в Башкортостане. Это совпадает с зоной активных русско-тюркских контактов, где прозвища и имена легко переходили из языка в язык. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться иначе — Нинаженков, Нинажников, — из-за нечёткой фиксации на слух.

Стоит отбросить ложную версию о связи с «низом» или «ниже». В русских фамилиях от слов «низкий», «нижний» образуются формы вроде Нижегородцев или Нижников, но не Нинаженков. Морфология здесь другая: основа оканчивается на -аг-/-аж-, а не на -из-/-иж-. Если бы предок был «низким» человеком, фамилия звучала бы как Низов или Низков.

Социальный статус первых Нинаженковых, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в старых боярских списках. Это типичная «бытовая» фамилия, возникшая в XVIII–XIX веках, когда прозвище перешло в официальный документ при переписи или рекрутском наборе.