Фамилия Нинифорова — женская форма мужской фамилии Нинифоров, а та, в свою очередь, восходит к каноническому крестильному имени Никифор. Почему не «Никифоров», а «Нинифоров»? Это пример народной, «простонародной» переделки греческого имени в русской среде. В живой речи сочетание «ки» часто упрощалось до «ни»: Никифор превращался в Нинифора. Такая замена встречается в диалектах и старых документах, где фиксировали имя на слух, не сверяясь с церковным написанием.

Имя Никифор (греч. Nikephoros) означает «несущий победу», «победоносец». В святцах оно появилось благодаря нескольким раннехристианским святым, включая патриарха Константинопольского. В России имя было распространено во всех сословиях, но фамилия Нинифоров (и её женский вариант) закрепилась в основном в крестьянской и мещанской среде, особенно в северных и центральных губерниях. Там акающее произношение и местные говоры сильнее «перекраивали» книжные формы.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Нинифора). Это типичная отчествообразная фамилия, каких большинство в русском ономастиконе. Редкость фамилии Нинифорова по сравнению с распространённой Никифоровой объясняется именно тем, что она зафиксировала не литературную, а диалектную версию имени. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они жили в местности, где имя Никифор произносили на свой лад, и это произношение стало семейным.

Встречаются и более редкие варианты — Нинифоровский, Нинифорцев, но Нинифорова остаётся наиболее точным маркером «народной» адаптации имени. В современных справочниках фамилия фиксируется как редкая, её носители рассеяны по разным регионам России, но чаще всего встречаются в Тверской, Вологодской и Архангельской областях.