Фамилия Ниниева — редкая и неочевидная для носителя русского языка, и её разбор требует особой осторожности. Самое вероятное объяснение — она образована от женской формы Ниниев, которая, в свою очередь, происходит от мужского имени или прозвища Ниний. Но что стоит за этим корнем?

Скорее всего, основа восходит к разговорной или диалектной форме имени Ани́ний или Они́сий (церковное Онисим, от греческого «полезный»). В русской народной среде заимствованные имена часто сокращали и переделывали: Аниний мог превратиться в Ниня, а от него уже появилось притяжательное прилагательное с суффиксом -ев — Ниниев. Таким образом, Ниниева — это «принадлежащая Нинию», то есть дочь или жена человека по имени Ниний.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово «нин» (душа, сила) или уменьшительная форма «нине». Однако тогда фамилия должна была бы сохранять иной суффикс или бытовать в регионах с сильным татарским или башкирским влиянием, что для фамилии Ниниева нехарактерно.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель фамилии, закрепившуюся за крестьянскими и мещанскими родами. В дворянской среде такие фамилии почти не встречались. География бытования Ниниевых — в основном южные и центральные области России, а также Запорожье, где имя Аниний было более употребительным, чем в северных говорах.

Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Нини́ева, хотя в устной речи возможен перенос на первый по аналогии с другими фамилиями на -ева. Фамилия не имеет отношения к финно-угорским языкам или к слову «нищий», как может показаться на слух: это чисто отантропонимическое образование.