Фамилия Ниница — редкий пример, где прозвище стало фамилией почти без изменений, сохранив исходный суффикс, который в русских фамилиях обычно встречается в географических названиях, а не в личных именах. Основа здесь — «нин» или «нинь», а суффикс «-ица» указывает на принадлежность или характерный признак. Скорее всего, Ниницей называли человека, который происходил из местности с похожим названием (например, деревни Нинино или Ниницы), либо так прозвали человека с каким-то особым качеством, связанным с корнем «нин».

Самая вероятная версия — фамилия образована от прозвища Ниница, которое могло означать «ласковый», «нежный» или, наоборот, «обидчивый». В русских говорах слово «ниня» или «нинька» иногда употреблялось в значении «няня» или «мамка» — отсюда могло пойти прозвище для заботливого человека, мужчины, который занимался воспитанием детей, или для того, кто постоянно опекал других. В этом случае суффикс «-ица» придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок, что необычно для фамилий — обычно такие формы закрепляются за прозвищами, а уже потом становятся фамилиями.

Есть и другая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от имени Нина или Никанор через диалектное сокращение. «Ниница» — это возможная форма отчества «Нинич» в женском роде (жена Нины или дочь Нины), но на практике фамилии с таким окончанием чаще встречаются в украинской и белорусской традиции, где «-ица» — типичный фамильный суффикс. В русской среде такая модель редка, но не исключена, особенно на юге или западе России.

Географически фамилия Ниница встречается в основном в Беларуси, на Смоленщине и в Брянской области — регионах, где сильны западнорусские говоры и влияние польско-литовской ономастики. В этих краях суффикс «-ица» в фамилиях (как, например, в фамилиях Куница, Синица) встречается чаще, чем в центральной России. Это косвенно подтверждает версию о прозвищном происхождении: Ниница могло быть местным словом для обозначения какого-то животного или птицы, но точных параллелей в диалектных словарях нет.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия не прошла через стандартные патронимические суффиксы «-ов», «-ев» или «-ин», что говорит о её относительно позднем закреплении — возможно, в XVIII–XIX веках, когда фамилии давали по прозвищам без изменений. Носители фамилии Ниница могли быть крестьянами или мещанами, а её редкость указывает на то, что родоначальник был заметной, но локальной фигурой — например, местным пастухом, нянькой или человеком с мягким характером, которого так и прозвали в деревне.