Фамилия Ниникина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах как основная, а мужской вариант (Ниникин) почти не встречается. Это сразу подсказывает, что фамилия образована по простой и древней модели: к основе, оканчивающейся на согласный, добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Ниникин — «сын Ниники» или «человек из дома Ниники».

Главная загадка — в основе. Что такое «Ниника»? В русских говорах и ономастике прослеживаются две версии, и обе имеют право на существование.

Первая: Ниника — это разговорная форма крестильного имени Никита. В народной речи имя нередко сокращали и перекраивали: Никита превращался в Никитку, Никишу, а в некоторых регионах — в Нинику. Такой вариант созвучен с украинским и белорусским произношением, где «и» звучит мягче. Если так, то предок носителя фамилии был Никитой, а его домашние и соседи звали его ласково или пренебрежительно Ниникой.

Вторая версия — прозвищная. В диалектах русского севера и Поволжья слово «ниника» могло означать нечто мелкое, незначительное или же относиться к человеку с тихим, незаметным нравом. Словарь Даля фиксирует глагол «ниникать» — «прятаться, таиться, быть незаметным». Прозвище Ниника могли дать скромному, застенчивому человеку, который «ниникал» в углу. Такое прозвище не было оскорбительным — скорее, бытовой характеристикой.

Фамилия географически привязана к центральным и северным областям России. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род в одном уезде дал начало всем Ниникиным. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что основа была не на -о/-а, а на согласный, что типично для прозвищ и уменьшительных имён.

Таким образом, Ниникина — фамилия, которая могла возникнуть и от церковного имени Никита, и от бытового прозвища. Первая версия выглядит надёжнее: в русской ономастике масса фамилий от уменьшительных форм канонических имён (Тимоха — Тимохин, Петруня — Петрунин). Ниника как вариант Никиты — логичное звено в этой цепочке.