Фамилия Нинитина — женская форма фамилии Нинитин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому исходная форма — Нинитин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант.

Основа «Нинит» — это, скорее всего, краткая форма от полного имени Никита. В русском языке в разговорной речи имя Никита часто сокращали: Никита → Никитка → Нитка → Нитя → Ниня. В некоторых говорах «Ниня» могло быть ласкательным обращением не только к Никите, но и к младенцу вообще (от «няня», «нянька»). Также существует версия, что «Ниня» — это вариант имени Нина, которое в крестьянской среде иногда использовали как мужское (хотя это спорно и редко).

Таким образом, Нинитин — это «сын Нини» (то есть сын человека по прозвищу или домашнему имени Ниня). Фамилия встречается нечасто, что указывает на её локальное бытование, скорее всего, в северных или центральных губерниях России, где были распространены уменьшительные формы от крестильных имён.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от названия реки Нинита (гидроним) или от диалектного слова «нинить» (в некоторых говорах — «ныть, хныкать»). Но эти гипотезы слабые, так как следов таких топонимов и глаголов в фамильной ономастике почти нет.

Фамилия Нинитина — редкий пример, когда за простым звучанием скрывается цепочка сокращений: от полного имени Никита через ласкательную форму «Ниня» к фамильному суффиксу. Носительницы этой фамилии могут считать, что их предок по мужской линии был либо Никитой, либо человеком, которого в семье ласково звали Ниней.