Фамилия Нинитченкова — довольно редкая и при этом прозрачная по своей структуре. В ней сразу заметна цепочка словообразовательных элементов, которая ведет нас к мужской форме — Нинитченков. Эта форма, в свою очередь, указывает на исходное прозвище или имя — Нинитка. Суффикс -ченков характерен для южнорусских и украинских фамилий, где он часто заменяет более привычный для центральной России -чкин. То есть Нинитченков — это то же самое, что Ниниткин, но с региональным оттенком.

Корень «Нинит-» — самый интересный. Это неканоническое, то есть нецерковное, имя или прозвище. Скорее всего, оно образовано от глагола «нинить» — диалектного слова, означающего «ныть, плакать, хныкать». В некоторых говорах «ниня» — это плакса, капризный ребенок. Таким образом, основа фамилии описывает человека по его поведению: Ниниткой в крестьянской среде могли прозвать плаксивого или обидчивого мальчика. Прозвища такого рода были распространены: они давались не в осуждение, а как отличительная черта, которая закреплялась в семье.

Женская форма Нинитченкова — это, по правилам русской грамматики, «принадлежащая Нинитченкову», то есть дочь или жена носителя мужской фамилии. В документах она закрепилась как самостоятельная, особенно после отмены крепостного права, когда фамилии стали передаваться по наследству и женщинам.

Встречаются единичные упоминания фамилии в статистических сборниках по Курской и Воронежской губерниям — это как раз зона бытования суффикса -ченков. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище «Нинитка» не было массовым, а сама модель образования (от диалектного глагола) не дала множества ответвлений. Сравните с однокоренной, но более частой фамилией Ненилин, где корень тот же, но суффикс другой.

Таким образом, предок современных Нинитченковых — это человек, которого в его деревне знали по характерной привычке ныть или жаловаться. Вряд ли это было обидное прозвище — скорее, бытовая метка, по которой его отличали от других Иванов и Петров.