Фамилия Нинитчук, предположительно, образована от имени Нинитка. Оно является производной формой старинного имени Нинит, которое в настоящее время вышло из употребления и значение которого точно неизвестно. Это имя принадлежало святому Мученику Ниниту. Он жил во времена императора Лициния и пострадал за веру вместе со святым Фидием в 320 году. Днем памяти Нинита считается 15 сентября. При образовании славянских фамилий использовались различные форманты: окончания принадлежности (-ов/-ев, -ин, -ский/-цкий), уменьшительные суффиксы (-онок/-енок, -енко, -ко, -ец, -ек, -ик, -чик, -еня, -ук/-юк), суффиксы отчества (-ович/-евич, -ич) и др. Таким образом, потомок человека, которого звали Нинитка, со временем получил фамилию Нинитчук.