Фамилия Нинилина в привычном для нас виде — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, которое отвечает на вопрос «чей?». Так в старину называли детей и домочадцев: Нинилина — значит «дочь Нинилы» или «из семьи Нинилы». Основа здесь — не мужское имя, как у большинства русских фамилий, а женское, что сразу выделяет этот род на фоне многочисленных Ивановых и Петровых.

Имя Нинила — это народная, разговорная форма канонического крестильного имени Неонилла. Оно пришло к нам из греческого языка, где означало «новая», «молодая». Покровительницей имени считается святая Неонилла Сирийская, христианская мученица, пострадавшая вместе с мужем Терентием в гонение императора Деция. Церковь чтит её память 10 ноября. Имя это на Руси не было частым, но и не исчезало: его давали девочкам в крестьянских и мещанских семьях, где любили старинные, редкие имена.

Фамилии от женских имён возникали по-разному. Чаще всего они появлялись, когда женщина оставалась главой семьи — вдовой или кормилицей — и по ней определяли дом. В других случаях так фиксировали внебрачных детей. Но для Нинилиных возможен и иной путь: имя Нинила могло быть не только женским. В некоторых говорах так ласково называли мужчину по имени Никон или Никита, а уменьшительная форма Нинила вполне могла закрепиться за дедом или отцом. Тогда фамилия означала бы «сын Нинилы» и была бы образована от мужского прозвища.

Окончательно утверждать, по женской или мужской линии пошла фамилия в конкретном роду, можно только после изучения архивных документов. Сама модель с суффиксом -ин типична для северных и центральных областей России, где такие формы от имён на -а встречаются особенно часто. Процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий, поэтому точное место и время возникновения рода Нинилиных каждый раз устанавливаются отдельно, через генеалогические разыскания.