Фамилия Нинилина образована от имени Нинила, производной формы крестильного женского имени Неонилла. Оно, в свою очередь, имеет греческое происхождение и в переводе означает «новая», «молодая». Покровительницей этого имени считается святая Неонилла Сирийская, жена Терентия, христианская мученица, пострадавшая в гонение императора Деция. Ее память совершается церковью 10 ноября. В результате, потомок женщины, обладающей именем Нинила, со временем получил фамилию Нинилина. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Нинилиных можно лишь на основании генеалогических исследований.