Фамилия Нинимов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Чтобы понять её происхождение, разберём словообразовательную модель, а она здесь нестандартная.

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов, который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность отцу. Основа, к которой он прирос, — Ниним. Сама основа выглядит как краткая форма от какого-то полного имени, но стандартный ряд (Иван → Ванин, Пётр → Петров) здесь не работает. В русской ономастике известны фамилии на -имов, образованные от прозвищных форм с окончанием -има: например, фамилия Неустроимов (от прозвища Неустроима). По аналогии: Ниним — это, скорее всего, прозвище или неканоническое имя.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным или архаичным глаголом «нинуть» — в некоторых говорах это означало «бросать, оставлять, покидать». В словаре В. И. Даля зафиксировано слово «нинуть» именно в этом значении, а также форма «нинь» как междометие, означающее отказ. Тогда Ниним — это причастная форма в значении «оставленный» или «брошенный», то есть подкидыш. Такое прозвище могли дать ребёнку, которого нашли или взяли на воспитание. Фамилия, образованная от подобного прозвища, — не редкость, ср. Найденов, Ненашев.

Вторая, менее вероятная версия — иноязычное происхождение. Фамилия могла возникнуть в среде тюркских народов (ср. башкирское или татарское имя Ниним, где «ни» — «что», а «ним» — «половина» или суффикс), но суффикс -ов говорит о том, что фамилия уже русифицирована и бытует в русской среде. Географически фамилия Нинимов встречается крайне редко, единичные носители зафиксированы в Поволжье и на Урале, что косвенно поддерживает версию о диалектном корне: именно в этих регионах слово «нинуть» было в ходу.

Таким образом, предок современных Нинимовых почти наверняка получил прозвище Ниним — «оставленный, подкидыш». Фамилия недвусмысленно указывает на обстоятельства рождения или раннего детства родоначальника.