Фамилия Нипрун — редкая и неочевидная с точки зрения русского уха. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, её происхождение, скорее всего, не связано с прямым отчеством или принадлежностью помещику. Сразу заметно, что корень «нипр» не встречается в древнерусских именах и прозвищах. Это заставляет искать объяснение за пределами славянской ономастики.

Наиболее вероятная версия — еврейское происхождение. Фамилия Нипрун может быть вариантом написания фамилии Нипрут (Niprut), которая встречается у ашкеназских евреев. В таком случае её основа — ивритское слово «нифра» (נפרא) или «нифрад» (נפרד), означающее «отделённый», «особый», или же от «нифра» в значении «красивый», «приятный». Фамилии такого типа часто давали по личным качествам или обстоятельствам. Окончание -ун в русской передаче могло закрепиться под влиянием украинского или белорусского произношения, где суффикс -ун встречается в фамилиях (например, Шевчун, Ковальчук).

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение. В XIX веке при присвоении фамилий еврейскому населению Российской империи чиновники нередко образовывали фамилии от произвольно выбранных слов или библейских топонимов. Нипрун могло возникнуть как искажение названия города Ниппур (древний шумерский город), но это лишь гипотеза без прямых доказательств. Связь с русским словом «нипрун» (которого не существует в словарях) отсутствует.

Географически фамилия Нипрун встречается крайне редко. Единичные носители зафиксированы в Беларуси, на западе Украины и в центральной России. Сословно предки, скорее всего, были мещанами или ремесленниками, а не дворянами или крестьянами, так как фамилии с таким окончанием редко встречаются в крестьянской среде. Таким образом, Нипрун — это фамилия-загадка, где ключ к разгадке лежит не в славянской лексике, а в еврейской ономастической традиции.