Фамилия Нищенков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов-, который указывает на принадлежность: «чей?» — Нищенков, то есть сын Нищенка. Основа здесь — прозвище Нищенка. Оно напрямую связано со словом «нищий». Но не спешите делать вывод, что предок обязательно просил милостыню.

В русских говорах слово «нищий» имело и другие, не столь унизительные значения. Так могли называть человека, который вёл аскетичный образ жизни, отказывался от излишеств, или того, кто по какой-то причине обеднел, но не потерял уважения. В некоторых регионах «нищенкой» в шутку звали скупого, прижимистого хозяина. Есть и версия, что прозвище могло закрепиться за человеком, который занимался сбором подаяния для церкви или монастыря — такое поручение считалось делом богоугодным, а не позорным.

Суффикс -енк- в основе Нищенк(о) характерен для украинской или южнорусской традиции прозвищ. Фамилии на -енков (Нищененков, Коваленков) нередко появлялись, когда носитель украинского прозвища переезжал в великорусские земли, и его фамилию «обрусевали», добавляя -ов. Однако Нищенков — случай более редкий: здесь суффикс -енк- стоит перед -ов- напрямую, что может говорить о прямом заимствовании готовой фамилии из украинского языка (Нищенко) с последующей русификацией.

В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель -енков фиксируется как типичная для пограничных областей — Курской, Воронежской, Харьковской губерний. Вероятнее всего, предки Нищенковых жили именно там, на стыке двух культур, где прозвище Нищенка было понятно и по-русски, и по-украински.

Фамилия не относится к дворянским или купеческим — скорее всего, её носили крестьяне или однодворцы. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы найдёте своего Нищенкова в метрических книгах, скорее всего, это будет небольшая группа родственников из одного села.