Фамилия Нищенкова — женская форма, а мужская, Нищенков, образована по типичной русской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище Нищенка, которое в свою очередь происходит от слова «нищий». Вопреки возможному первому впечатлению, фамилия не обязательно указывает на бедность предка. В русских говорах «нищенкой» могли называть не только попрошайку, но и человека, который прикидывается бедным, скупого или, наоборот, того, кто живёт подаянием по обету — странника, богомольца.

Словообразовательная модель проста: суффикс -к- в основе Нищенк- указывает на принадлежность к лицу женского пола (прозвище женщины), а затем фамильный суффикс -ов добавил значение «чей?» — сын или потомок Нищенки. Такие фамилии часто возникали в крестьянской среде, где прозвища давались по поведению, привычкам или внешности. В данном случае прозвище могло быть ироничным — давали его не тому, кто действительно нищенствовал, а, скажем, прижимистому хозяину.

Географически фамилия Нищенков встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Курской и Ростовской областях. Это указывает на её южнорусские корни, где суффикс -к- в прозвищах был особенно распространён. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии — Нищев, Нищетин, Нищевский, но Нищенков выделяется именно уменьшительно-пренебрежительным оттенком прозвища.

Есть и альтернативная версия: в некоторых говорах «нищенка» — это не человек, а вид мелкой рыбы или даже растение, но она слабо подтверждена лексикографическими источниками. Правдоподобнее связь с социальным прозвищем: предок носителя фамилии мог жить подаянием, быть странником или просто получить насмешливое уличное имя.