Фамилия Нищун — редкий случай, когда прозвище не прикрыто типовым суффиксом. Она образована напрямую от прилагательного «нищий» через суффикс -ун, который в русском языке обычно указывает на лицо по действию или характерному признаку: бегун, ворчун, говорун. Нищун — это тот, кто находится в крайней бедности, нищий человек. Модель без патронимического суффикса -ов/-ин встречается в украинской, белорусской и южнорусской традициях, где прозвища нередко закреплялись в быту в чистом виде и лишь потом переходили в фамилии без дополнительной переделки.

Вероятнее всего, Нищун — не оскорбительное прозвище, а бытовое описание. В крестьянской среде так могли назвать бедняка, бобыля или человека, который жил подаянием. Но есть и другая версия: слово «нищий» в диалектах иногда приобретало ироничный оттенок — так могли прозвать скупого или, наоборот, того, кто раздавал последнее. Корень древний, общеславянский, от *nītjь — «нужда, бедность». Фамилия фиксируется в западных регионах бывшей Российской империи, особенно на Волыни и в Подолии, что подтверждает её украинско-белорусское происхождение.

С точки зрения словообразования, Нищун стоит в одном ряду с фамилиями Богачун, Голодун, Хитрун — все они образованы по одной модели «прилагательное + -ун». Это недворянская, крестьянская или мещанская фамилия, и в списках родовитых фамилий она не встречается. Встретить её можно в метрических книгах XIX века по Киевской и Подольской губерниям. Известных носителей с общероссийской известностью нет, что только подчёркивает её локальный, народный характер.