Фамилия Нищунов образована от прозвища или имени Нищун, которое, в свою очередь, восходит к слову «нищий». На первый взгляд значение кажется очевидным — бедный человек, просящий подаяние. Но в русской ономастике это не всегда прямое указание на социальный статус. Прозвище Нищун могло закрепиться за человеком, который вёл аскетичный образ жизни, отказывался от богатства или даже юродствовал — такое поведение на Руси нередко воспринимали как благочестивое, а не унизительное. Не исключён и ироничный вариант: Нищуном в насмешку называли скупого или, наоборот, того, кто промотал состояние.

Словообразовательная модель здесь классическая для восточнославянских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Нищунов — буквально «сын или потомок Нищуна». Суффикс -ун в основе прозвища характерен для русских говоров: он придаёт слову оттенок постоянного свойства или действия (ср. «говорун», «бегун»). То есть Нищун — это человек, которого окружающие постоянно характеризовали как нищего или живущего по-нищенски.

Фамилия редкая, её географическая привязка неочевидна, но по законам русской ономастики такие прозвищные фамилии чаще встречались в крестьянской и мещанской среде, особенно в северных и центральных губерниях. В дворянской среде прозвище с таким корнем почти не фиксируется — слишком бытовое и неблагозвучное для официального статуса.

Важная деталь, которую часто упускают: фамилия Нищунов могла возникнуть не напрямую от «нищий», а от уменьшительной формы личного имени Никита — Нищун. В некоторых русских говорах «Никита» через цепочку народных переделок (Никитушка → Никищун → Нищун) давало такой вариант. Тогда фамилия теряет «обидный» смысл и становится просто патронимом от канонического имени. Обе версии равноправны, но первая (прозвищная) встречается в словарях чаще, так как имя Никита имеет свои устойчивые уменьшительные формы (Никитка, Никеша), а «Нищун» для него — редкий и локальный вариант.