Фамилия Нищунова — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище или фамилия Нищунов. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность («чей?» — Нищунова, то есть жена или дочь Нищунова). А вот корень «нищ-» сразу бросается в глаза и вызывает ассоциации с бедностью.

Самая очевидная версия происхождения — от прозвища Нищун. В русских говорах «нищун» или «нищий» — человек, живущий подаянием, бедняк. Прозвища такого рода давали не обязательно самому бедному: часто так называли скупого, прижимистого человека, который «нищенствует», то есть жалеет денег на других. Встречается и ироничное прозвище для того, кто, наоборот, слишком много просит или клянчит. Учитывая, что суффикс -ун в русском языке активен при образовании имён деятеля (говорун, ворчун, молчун), Нищун — это «тот, кто нищенствует» или «тот, кто похож на нищего».

Менее вероятна, но возможна связь с географическим названием. В некоторых регионах (например, на Украине или в Белоруссии) встречаются топонимы вроде Нища, Нищево, но для фамилии Нищунов это скорее исключение. Также не стоит путать с фамилией Нищинский — у той может быть польское или украинское происхождение от личного имени Нищий (как прозвище), а Нищунов — более «северная», великорусская форма на -ов.

Исторически носители фамилии Нищуновы могли принадлежать к крестьянскому или мещанскому сословию. Прозвище Нищун фиксируется в документах XVI–XVII веков, например, в переписных книгах Новгородской и Псковской земель, где «нищунами» называли бродяг или обедневших крестьян. В XIX веке фамилия встречается в центральных губерниях России, особенно в Тверской и Ярославской, где суффикс -ун был распространён в прозвищах.

Таким образом, Нищунова — фамилия, которая прямо говорит о характере или социальном положении предка. Она не редкая, но и не массовая, и её носитель может с уверенностью сказать, что его предок был человеком с яркой речевой характеристикой — либо действительно бедным, либо тем, кого за скупость прозвали «нищуном».