Фамилия Нишкомаев образована от прозвища Нишкомай. В его основе, скорее всего, лежит украинский глагол «нишкати», который в переводе означает «разузнавать, разыскивать». Вполне вероятно, что это прозвище отражало особенности характера и поведения предка (любопытство, хитрость, ловкость). Согласно другой гипотезе, прозвище ведет свое начало от русского слова «нишкнуть», то есть «не молвить ни словечка, молчать». В таком случае можно предположить, что основатель рода Нишкомаевых был неразговорчивым человеком. Так и прозвище Нишкомай закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Нишкомаев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Нишкомай, со временем получил фамилию Нишкомаев.