Фамилия Нишкомаев — редкий пример прозвищной фамилии, в основе которой лежит не каноническое имя, а живое народное слово. Образовали её от прозвища Нишкомай по стандартной модели: к основе добавили типичный русский суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей будешь?» — Нишкомаев), то есть «сын Нишкомая».

Что означало само прозвище — вопрос открытый, и лингвисты предлагают две противоположные версии. Первая отсылает к украинскому глаголу «нишкати» — «разузнавать, разыскивать». Если следовать этой логике, Нишкомаем называли человека любопытного, хитрого, ловкого, умеющего выведать нужные сведения. Такое прозвище отражало бы поведенческую черту: не просто наблюдательность, а активный поиск информации, возможно, даже с оттенком пронырливости.

Вторая версия строится на русском слове «нишкнуть» — «замолчать, притихнуть, не молвить ни словечка». Здесь смысл меняется на противоположный: прозвище могло закрепиться за молчаливым, неразговорчивым человеком. В диалектах глагол «нишкать» также означал «заставлять замолчать», «кричать “тс!”», поэтому прозвище могло относиться и к тому, кто умел хранить тайны, и к тому, кто постоянно одергивал других.

Какая версия правдоподобнее? Судя по конечному -ай в основе, прозвище звучит по-украински или по-южнорусски: такой формант характерен для прозвищ с оттенком действия или качества (сравните: Шаповал, Гуляй). Украинский след выглядит убедительнее, поскольку в русских говорах форма «Нишкомай» не встречается, а вот от украинского «нишкати» она образуется естественно. Впрочем, обе гипотезы сходятся в главном: прозвище характеризовало манеру поведения предка — либо его любопытство и сметливость, либо, наоборот, молчаливость.

Сама фамилия очень редкая, что типично для прозвищ, которые не стали массовыми. В отличие от фамилий от крестильных имён (Иванов, Петров), она не имела «подстраховки» в церковном календаре, поэтому и не распространилась широко. Носители Нишкомаевых, скорее всего, имеют корни в украинских или южнорусских губерниях, где подобные прозвища бытовали в крестьянской среде. Со временем прозвище Нишкомай, закрепившись за главой семьи, передалось потомкам как фамильное имя, и теперь потомок того самого любопытного или молчаливого человека носит фамилию Нишкомаев.