Фамилия Нишкомаева хранит память о прозвище дальнего предка — Нишкомай. Это прозвище, а затем и фамилия, возникло в среде, где личное имя часто уступало место меткому слову, которое подмечало в человеке главное. Разбирая словообразовательную модель, видим типичный для восточнославянских фамилий путь: прозвище Нишкомай + типичный патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность потомку («чей-то сын»). Форма Нишкомаева — женская, тогда как мужской вариант будет Нишкомаев.

Смысл прозвища Нишкомай неоднозначен, и здесь открывается простор для версий. Наиболее правдоподобная связывает его с украинским глаголом «нишкати» — «разузнавать, разыскивать». В таком случае прозвище отражало характер: любопытство, хитрость, ловкость, умение добыть нужные сведения. Человек, который всё знает и умеет разузнать, в крестьянской среде ценился — а возможно, и побаивались его осведомлённости.

Согласно второй гипотезе, в основе лежит русское слово «нишкнуть» — «не молвить ни словечка, молчать». Тогда прозвище Нишкомай получил человек неразговорчивый, молчаливый, себе на уме. Обе версии имеют право на жизнь, но первая выглядит убедительнее: глагол «нишкати» с его активным значением поиска и разведки лучше объясняет появление прозвища, чем пассивное «молчать». Хотя и молчун в семье, где говорили много и громко, тоже мог получить такое прозвище.

Сама фамилия — редкая, что делает её особенно ценной для семейной истории. Она не от имени, а именно от прозвища, а такие фамилии обычно старше и возникали в среде простых людей — крестьян и ремесленников, где прозвища были естественным способом отличить одного человека от другого. Прозвище Нишкомай закрепилось за основателем рода как наиболее употребительное именование, а со временем перешло в фамилию, которую потомки передавали из поколения в поколение. Так, носительница фамилии Нишкомаева может видеть в ней не просто набор букв, а указание на характер — любопытство и сметку либо же молчаливую основательность — своего далёкого предка.