Фамилия Нистеровский звучит как типичная фамилия польского или западнорусского дворянства, и это первое, что бросается в глаза. Модель на -ский (-цкий) в славянском мире — признак либо шляхетского происхождения, либо образования от названия местности. В случае Нистеровского корень явно указывает на географический объект: реку Днестр.

В польском языке Днестр — Niestr, и от этой основы по правилам польской ономастики образовали прилагательное Niestrowski, а затем и фамилию. Русская передача через «и» (Нистеровский) — результат адаптации польского произношения, где «е» после мягкого согласного звучит как «ие». Таким образом, Нистеровский — это человек, чьи предки жили на Днестре, владели землей вдоль его берегов или происходили из поселения с похожим названием. В Подолии, Галиции и на Волыни существовали местечки вроде Ниструв или Нистрово, от которых и пошли такие фамилии.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — прозвищная основа от диалектного глагола «нистерить» (хитрить, вынюхивать, промышлять мелким воровством). В таком случае фамилия образовалась бы по той же модели, но носила бы не топонимический, а характеризующий оттенок. Однако для фамилии на -ский, которая в массе своей указывала на владельческий или географический статус, эта версия слабее. Крестьянам и мещанам прозвища чаще давали с суффиксами -ов/-ев, -ин, а -ский закреплялся за теми, кто имел отношение к земле или шляхетскому сословию.

В польских и украинских метриках XVIII–XIX веков фамилия Нистеровский встречается в основном в Тернопольской, Хмельницкой и Львовской областях, что подтверждает привязку к Приднестровью. После разделов Речи Посполитой часть носителей перебралась в центральные губернии Российской империи, где фамилия могла писаться и через «е» — Нестеровский, что иногда путают с однокоренной, но другой фамилией от имени Нестор. Для Нистеровского же первичная связь сохраняется именно с Днестром, и это главный ключ к происхождению рода.