Фамилия Нисякин — одна из тех, где основа неочевидна, а значит, и версий происхождения может быть несколько. Разберёмся по порядку.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). В русских фамилиях этот суффикс обычно присоединялся к основам на -а/-я. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Нисяка (или Нисяк). Вопрос в том, что оно означало.

Самая вероятная версия — связь с разговорной формой крестильного имени. В православных святцах есть имя Анисий (от греческого «исполнение, завершение»). В народной речи оно часто сокращалось до Анися, а затем и до Нися. Отсюда и прозвище Нисяка — так могли называть человека с именем Анисий. Суффикс -яка в прозвищах часто придавал оттенок просторечия или ласкательности.

Вторая версия отталкивается от диалектного слова. В некоторых южнорусских и украинских говорах «нися» или «нисяка» могло быть детским или шутливым названием чего-то висящего, болтающегося (сравните с глаголом «висеть»). В таком случае прозвище могло относиться к человеку с характерной походкой или какой-то внешней детали. Однако эта версия менее убедительна, так как подобные прозвища обычно редки и плохо закрепляются в фамилиях.

Географически фамилия Нисякин встречается нечасто, но имеет заметный след в Поволжье и на юге России. Встречаются варианты написания Нисяков (с суффиксом -ов), что указывает на ту же основу, но с другим окончанием. В целом, фамилия довольно редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, где имя Анисий было популярно.